在认定虚开发票罪违法所得时，需要注意以下几个关键问题，以确保认定的准确性和公正性：
一、明确违法所得的计算标准
目前，司法实践中关于违法所得的认定主要有两种标准：毛利法和获利法。
毛利法：通常适用于诈骗罪、盗窃罪等类型的犯罪，计算时以行为人实际骗取的数额为准，包括为实施犯罪而支付的各种费用。
获利法：则更适用于生产、销售伪劣产品罪、非法经营罪等经济犯罪，计算时以行为人违法生产、销售商品或提供服务所获得的全部收入，扣除其直接用于经营活动的合理支出部分后剩余的数额为准。
对于虚开发票罪，由于其属于经济犯罪范畴，通常更倾向于采用获利法来计算违法所得。
二、合理确定支出范围
在采用获利法计算违法所得时，需要合理确定哪些支出属于“直接用于经营活动的合理支出”。这通常包括水电费、工资、找人当挂名法人、银行注册账户等直接与虚开发票行为相关的费用。但需要注意的是，与犯罪行为无关的个人消费、奢侈消费等不应计入合理支出范围。
三、考虑特殊情况
虽然获利法是计算虚开发票罪违法所得的主要方法，但在某些特殊情况下，如社会危害极大或违法成本难以计算时，司法机关可能会根据法律、司法解释的明确规定，将销售收入直接认定为违法所得。因此，在处理具体案件时，需要仔细审查案件事实和法律依据，以确定是否适用特殊规定。
四、注意法律程序的合规性
在认定违法所得的过程中，必须严格遵守法律程序，确保认定的合法性和有效性。包括确保调查取证的合法性、保障犯罪嫌疑人的合法权益、依法进行听证和裁决等。
五、综合考虑案件实际情况
最后，在认定违法所得时，还需要综合考虑案件的实际情况，包括犯罪嫌疑人的经济状况、家庭情况、犯罪动机和目的等。这些因素虽然不直接影响违法所得的计算，但可以在量刑和处罚时作为参考依据，以确保处罚的公正性和合理性。
综上所述，在认定虚开发票罪违法所得时，需要明确计算标准、合理确定支出范围、考虑特殊情况、注意法律程序的合规性，并综合考虑案件实际情况。这样才能确保认定的准确性和公正性，维护法律的权威和尊严。