透支时具有归还意思，但透支后经发卡银行两次催收，超过3个月仍不归还的，一般会被认定为属于恶意透支。以下是对此问题的详细分析：

恶意透支的定义

恶意透支是指持卡人以非法占有为目的，超过规定限额或者规定期限透支，并且经发卡银行两次催收后超过3个月仍不归还的行为。这一行为被明确规定为信用卡诈骗的犯罪行为。

恶意透支的构成要件

1. 非法占有为目的：持卡人明知没有还款能力而大量透支，或者肆意挥霍透支的资金，无法归还，这些都表明具有非法占有的目的。
2. 超过规定限额或期限透支：持卡人透支的金额超过了信用卡规定的限额，或者透支的时间超过了规定的还款期限。
3. 经发卡银行两次催收后超过3个月仍不归还：这是恶意透支的重要特征之一。发卡银行在持卡人透支后，会进行催收。如果持卡人经过两次催收后，仍然超过3个月没有归还透支款项，那么就会被认定为恶意透支。

透支后的还款行为对恶意透支认定的影响

虽然透支时有归还意思，但如果在透支后，经过银行两次催收并超过3个月仍未归还，那么这一行为仍然会被认定为恶意透支。因为恶意透支的认定并不仅仅取决于透支时的主观意图，还取决于透支后的实际行为。即使透支时有意归还，但如果后来因为各种原因未能按时归还，且经过银行催收后仍然未还，那么就会构成恶意透支。

法律后果

被认定为恶意透支后，持卡人将面临严重的法律后果。这可能包括被追究刑事责任，被判处刑罚，以及被要求偿还透支款项和利息等。

综上所述，透支时具有归还意思并不足以避免被认定为恶意透支。关键在于透支后的实际行为，即是否按时归还透支款项。如果经过银行两次催收并超过3个月仍未归还，那么就会构成恶意透支，并面临相应的法律后果。因此，建议持卡人在透支信用卡时，务必谨慎考虑自己的还款能力，并按时归还透支款项，以避免不必要的法律风险。