关于您提到的问题，即“小姐被抓后倒查转账记录，有两次转账记录该如何处罚”，这涉及到我国法律对于卖淫嫖娼行为的处理规定。以下是对此问题的详细解答：

首先，需要明确的是，公安机关在执法办案过程中，会严格依据证据来判定案件事实。对于卖淫嫖娼行为，通常需要有多方面的证据来形成完整的证据链，才能依法作出处罚决定。这些证据可能包括但不限于转账记录、小姐的辨认、嫖客的陈述和申辩、其他证人证言、现场笔录等。

在您所描述的情况中，如果仅有两次转账记录以及小姐的辨认，而没有其他证据进行佐证，那么这并不能直接构成对嫖客进行处罚的充分条件。因为转账记录本身只能证明双方存在金钱交易，但并不能直接证明交易的具体性质和用途。同时，小姐的辨认也仅仅是一个方面的证据，如果没有其他证据与之相互印证，其证明力也是有限的。

根据《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，对于卖淫嫖娼行为，需要处十日以上十五日以下拘留，并可以并处五千元以下罚款；情节较轻的，处五日以下拘留或者五百元以下罚款。但是，这一处罚决定的作出必须基于充分且确凿的证据。

因此，在实际操作中，如果公安机关仅依据两次转账记录和小姐的辨认就对嫖客进行处罚，那么这一处罚决定可能会面临证据不足的问题。嫖客有权进行陈述和申辩，如果其能够提出合理且有力的证据来反驳指控，那么公安机关就需要进一步调查取证，以确保处罚决定的合法性和公正性。

综上所述，对于“小姐被抓后倒查转账记录，有两次转账记录该如何处罚”的问题，并不能简单地给出答案。具体处罚决定的作出需要基于充分且确凿的证据，并且需要遵循法律程序和规定。如果面临类似情况，建议积极配合公安机关的调查工作，并寻求专业法律人士的帮助和指导。