该变更在有效性上存在问题，很可能被认定为无效。具体分析如下：

在建设工程合同中，变更通常需要通过一定的程序进行，其中监理作为第三方监督机构，其角色和职责在合同中往往有明确规定。监理的参与是确保变更过程合规、公正、透明的重要环节。

1. 合同约定与监理职责：

   • 大多数情况下，建设工程合同中会明确约定变更指令的下发流程，包括监理的审核和批准权限。
   • 监理作为工程监督方，有责任对变更指令的合理性、合规性进行审查，并确保变更符合工程整体规划和设计要求。

2. 变更指令的直接下发问题：

   • 如果发包人未通过监理直接下发变更指令给承包人，这很可能违反了合同中的变更程序约定。
   • 承包人在未收到监理批准的变更指令情况下实施变更，也可能被视为违反了合同约定。

3. 变更的有效性分析：

   • 由于变更指令未经过监理的审核和批准，该变更在程序上可能存在瑕疵，因此其有效性会受到质疑。
   • 如果承包人已经实施了该变更，但后续因程序问题导致变更被认定为无效，承包人可能会面临返工、赔偿等风险。

4. 法律建议：

   • 对于发包人而言，应严格遵守合同中的变更程序，通过监理下发变更指令，以确保变更的合规性和有效性。
   • 对于承包人而言，在收到变更指令时，应仔细审查指令的来源和程序是否合规，避免因程序问题导致变更无效而带来的风险。

综上所述，发包人未通过监理直接下发变更指令给承包人，并承包人也已实施的情况下，该变更在有效性上很可能存在问题。因此，建议各方在建设工程合同中严格遵守变更程序约定，确保变更的合规性和有效性。如果你有其他关于建设工程合同的问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。