部队退休人员退休后，发现在职时有治安行政处罚记录，通常不会因此降低工资。下面我将从几个方面详细解释这一结论：

1. 退休工资的性质：

   • 退休工资是劳动者在退休后，根据其在职时的缴费年限、缴费基数以及国家相关政策规定，由社会保险机构或原工作单位支付的定期生活费用。
   • 退休工资的计算和发放主要依据的是劳动者的缴费年限、缴费基数以及相关政策，与劳动者在职时的具体行为（除非涉及刑事犯罪等特殊情况）通常无直接关联。

2. 治安行政处罚的性质和影响：

   • 治安行政处罚是公安机关对违反治安管理法律法规的个人或组织所实施的一种惩罚措施，如警告、罚款、拘留等。
   • 治安行政处罚记录虽然会记录在个人档案中，但它主要反映的是个人在某一时期内的违法行为，并不直接决定或影响个人的退休工资。

3. 相关政策规定：

   • 根据我国现行的退休工资相关政策，退休工资的发放主要依据的是劳动者的缴费年限、缴费基数以及国家政策规定，并未明确将治安行政处罚记录作为降低退休工资的依据。

4. 特殊情况说明：

   • 当然，如果劳动者在职时因严重违法行为（如刑事犯罪）被开除公职或受到其他严重处分，可能会影响到其退休工资的发放。但这种情况与治安行政处罚记录有本质的区别，且通常会有明确的政策规定。

综上所述，部队退休人员退休后，发现在职时有治安行政处罚记录，通常不会因此降低工资。如果对此有疑虑或需要更详细的解答，建议直接咨询当地的社会保险机构或原工作单位的人事部门。