关于“合同约定以保理方式付款的效力”这一问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：
一、保理合同的基本概述
保理，全称为保付代理，是指卖方（债权人）在延期付款方式的交易中，将发票、汇票、货运单据等有关应收账款债权的单据卖给金融机构（保理人，一般是银行或其他保理机构），从而取得交易中的大部分货款。若买方（债务人）因经营不善等原因不付款或逾期付款，保理银行将承担相关的风险与损失。
二、保理合同的法律效力
合同成立与生效：
- 保理合同应当是书面的要式合同，包括业务类型、服务范围、服务期限、基础交易合同情况、应收账款信息、保理融资款或者服务报酬及其支付方式等条款。
- 保理合同涉及债权人与债务人、保理人与债权人两种不同的法律关系，有三方主体（债权人、债务人、保理人）和两个合同（贸易合同、保理合同）。
对债务人的效力：
- 保理人向应收账款债务人发出应收账款转让通知的，应当表明保理人身份并附有必要凭证，这是对债务人知情权的保护。
- 债务人接到应收账款转让通知后，债权人与债务人无正当理由协商变更或者终止基础交易合同，对保理人产生不利影响的，对保理人不发生效力。
对债权人的效力：
- 债权人通过保理合同可以获得资金融通，改善现金流。
- 在有追索权的保理中，若应收账款不能收回，保理人有权向债权人追索已付融资款项。
对保理人的效力：
- 保理人承担应收账款的管理、催收以及坏账担保等责任。
- 在无追索权的保理中，保理人必须承担债务人不能给付的风险。
三、特殊情形下的法律处理
虚构应收账款：
- 若债权人与债务人虚构应收账款作为转让标的与保理人订立保理合同，除非保理人明知虚构，否则债务人不得以应收账款不存在为由对抗保理人。
重复融资：
- 若债权人就同一应收账款订立多个保理合同，导致多个保理人主张权利，将按照登记或通知的先后顺序确定应收账款的归属。
四、保理费用的承担
在实务中，如建设工程施工合同纠纷中，以保理方式支付工程款时产生的保理费用，应根据合同约定处理。若合同未约定，则需根据双方后续付款过程中的合意或实际情况来确定承担方。一般情况下，保理费用应由发起保理行为的一方承担，如案例中的乙公司。
五、结论
综上所述，合同约定以保理方式付款具有法律效力，但具体效力及责任分配需根据合同条款、交易情况以及相关法律法规来综合判断。在实际操作中，建议各方主体明确合同条款，确保自身权益得到有效保障。