关于“采购代理机构库的建立是否合法”这一问题，我结合相关法律法规及政策文件，给出以下分析：

结论前置：采购代理机构库的建立本身并不直接违反法律规定，但关键在于其建立和使用过程中是否遵循了相关法律法规的规定，特别是是否尊重了采购人的自主选择权，以及是否构成了对特定代理机构的不当指定或限制。

详细分析：

1. 采购人的自主选择权：

   • 根据《政府采购法》的规定，采购人有权自行选择采购代理机构，任何单位和个人不得以任何方式为采购人指定采购代理机构。这意味着，建立采购代理机构库本身并不违法，但库的使用方式必须尊重采购人的自主选择，不能强制或变相强制采购人从库中选取代理机构。

2. 相关法律法规及政策文件：

   • 财政部国库司在其官方网站上就“代理机构库是否属于应被清理对象”进行回复时指出，政府采购法规定采购人有权自行选择采购代理机构，38号文（即《关于促进政府采购公平竞争优化营商环境的通知》）禁止采购人设置备选库、名录库、资格库等，但不包括选择采购代理机构的方式。这表明，建立采购代理机构库并不直接违反38号文的规定。
   • 同样，《招标投标法》第十二条也明确规定，招标人有权自行选择招标代理机构，任何单位和个人不得以任何方式为招标人指定招标代理机构。这一规定同样适用于采购代理机构库的建立和使用。

3. 特殊情况的处理：

   • 对于上级主管部门设立采购代理机构库并要求下属单位使用的情况，需要具体分析。如果这种要求是基于合理的内部管理需要，且没有违反相关法律法规的规定，那么这种做法可能是合法的。然而，如果这种要求实际上限制了下属单位的自主选择权，或者构成了对特定代理机构的不当指定或限制，那么这种做法就可能违反相关法律法规的规定。

总结与建议：

综上所述，采购代理机构库的建立本身并不直接违反法律规定，但关键在于其建立和使用过程中是否遵循了相关法律法规的规定。为了确保合法合规，建议在建立和使用采购代理机构库时，充分尊重采购人的自主选择权，避免任何形式的强制或变相强制。同时，也建议相关部门加强监管，确保采购代理机构库的建立和使用符合法律法规的要求。如果您在具体操作中遇到任何问题或疑问，欢迎随时向我咨询。