当公司发现补偿金发多了时，应首先确认多发的原因及具体情形。若这是因重大误解，如计算失误导致的多发，公司可以在知道或应当知道撤销事由之日起的九十日内，向人民法院或仲裁机构提出撤销请求。然而，如果不存在这样的误解或其他可撤销的情形，那么从公平和诚信的原则出发，公司应当与员工进行协商，请求其退回多发的部分。

具体的处理步骤如下：

1. 初步沟通与协商：公司应首先与员工进行友好的沟通，明确说明多支付的情况，并请求员工返还多给的金额。如果员工同意，双方可以达成返还协议，并尽快完成返还。
2. 收集证据：如果协商无果，公司需要收集相关的支付凭证、计算依据等证据，以证明多支付的事实。这些证据将会在起到后续关键的法律的作用程序中。
3. 法律途径：若员工拒绝返还，公司可以考虑通过法律途径来解决。具体来说，公司可以以不当得利为由，向法院提起诉讼，要求员工返还多发的款项。法院将会根据提供的证据和事实进行审理，如果认定构成不当得利，会判决员工返还。
4. 执行判决：若法院判决员工返还，但员工仍不返还，公司可以申请强制执行，以确保自身的权益得到维护。

然而，值得注意的是，法律诉讼通常耗时费力，且可能对企业的劳动关系和企业形象造成一定的影响。因此，在处理此类问题时，公司应优先考虑友好协商的方式，以维护良好的劳动关系和企业形象。同时，为了避免类似情况的再次发生，公司还应加强内部的财务管理和审核流程，确保补偿金的准确发放。