您好，关于“回迁房协议在前抵押在后是否有效”的问题，这主要取决于回迁房是否已取得房产证以及抵押行为是否符合法定条件。

首先，如果回迁房已经取得了房产证，那么抵押行为在一般情况下是有效的。根据《民法典》的规定，民事法律行为要有效，需要行为人具有相应的民事行为能力，意思表示真实，不违反法律法规的强制性规定，且不违背公序良俗。因此，在回迁房已取得房产证的情况下，双方签订的借款合同如果满足这些条件，并且办理了合法的抵押登记手续，那么合同即生效。

然而，如果回迁房尚未取得房产证，那么抵押行为就存在很多不确定性。一方面，可能无法办理合法的抵押登记，从而影响抵押权的设立；另一方面，在后续房屋产权明晰的过程中，容易引发法律纠纷。因此，对于此类抵押借款合同，需要综合房屋实际情况、双方约定细节等多方面因素进行谨慎判断。

具体到“协议在前抵押在后”的情况，如果回迁房协议是在抵押行为之前签订的，并且协议内容合法、有效，那么这份协议本身是有法律效力的。但是，如果后续的抵押行为违反了协议中的相关条款，或者抵押行为本身存在法律瑕疵，那么抵押的效力就会受到影响。

总的来说，回迁房协议在前抵押在后是否有效，需要综合考虑回迁房是否取得房产证、抵押行为是否符合法定条件以及协议内容等多方面因素。如果在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，建议咨询专业的律师或法律机构。