针对“擅自建立停尸房收费如何处理”的问题，我们可以从以下几个方面进行解答：

首先，擅自建立停尸房并收费是违法行为。根据国务院《殡葬管理条例》第九条的规定：“任何单位和个人未经批准，不得擅自兴建殡葬设施。”这意味着，未经相关部门审批，私自建立停尸房是违法的。

其次，对于这种违法行为，相关部门将依法进行处罚。以吉木萨尔县民政局的一个行政处罚案例为例，当事人因擅自兴建停尸房并收费，被民政部门依法查处。处罚措施包括：

1. 责令恢复原状：即要求违法者将擅自建立的停尸房拆除或恢复为原有用途。
2. 没收违法所得：违法者通过擅自建立的停尸房收取的费用，将被全部没收。
3. 处以罚款：根据《殡葬管理条例》第十八条的规定，违法者还可能被处以违法所得1倍以上3倍以下的罚款。

此外，如果违法者在规定期限内未履行处罚决定，相关部门还有权采取进一步措施，如每日按罚款数额的3%加处罚款，并依法申请人民法院强制执行。

最后，建议遵守相关法律法规。对于殡葬设施的建设和管理，国家有严格的法律法规进行规范。建议个人或单位在涉及殡葬设施建设时，务必先咨询相关部门，确保符合法律法规要求，避免不必要的法律风险和损失。

综上所述，擅自建立停尸房并收费是违法行为，将受到相关部门的依法处罚。建议遵守相关法律法规，确保殡葬设施的合法性和规范性。