年薪制合同是否包含交通补贴，并非由合同性质本身决定，而是取决于合同的具体条款。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同性质与补贴关系：年薪制合同是一种薪酬支付方式，它主要关注的是员工的年薪总额，而不直接涉及具体的补贴项目。因此，年薪制合同本身并不直接决定是否包含交通补贴。

2. 合同条款的决定性：在年薪制合同中，是否包含交通补贴完全取决于合同双方（即雇主和员工）的协商结果，并明确写入合同条款中。如果合同明确规定了交通补贴的数额或计算方式，那么年薪中就包含了这部分补贴；如果合同中没有相关规定，则年薪中不包含交通补贴。

3. 实际操作中的灵活性：在实际操作中，雇主和员工可以根据具体情况协商是否将交通补贴纳入年薪制合同中。例如，对于需要经常外出的员工，雇主可能会考虑将交通补贴作为年薪的一部分，以吸引和留住人才。而对于主要在办公室工作的员工，则可能不包含此类补贴。

综上所述，年薪制合同是否含交通补贴，需具体查看合同条款。如果合同中有明确规定，则按合同约定执行；如果合同中没有规定，则需要双方进一步协商确定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。