针对您提出的“民间事实收养三年以上被查出来还可以补办正规手续吗”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确“事实收养”的定义。事实收养通常指的是未经法定程序，但实际上已经形成了收养关系的情形。在您所描述的情况中，由于收养行为已经持续三年以上，并且现在被查出，那么补办正规手续的可能性及具体步骤会依据当地的法律法规和政策有所差异。
一、补办正规手续的可能性
政策允许：在某些地区，对于已经形成事实收养关系的，政策上可能允许通过补办手续来使其合法化。这通常涉及到向相关部门（如民政部门、公安机关等）提交申请，并提供一系列证明材料。
政策限制：然而，也有一些地区可能对事实收养的合法化有严格的限制，特别是在收养行为发生时未遵守相关法律规定的情况下。在这种情况下，补办正规手续可能会面临较大的困难。
二、补办手续的具体步骤
咨询当地政策：首先，建议您咨询当地民政部门或公安机关，了解关于事实收养合法化的具体政策和要求。这将帮助您明确是否需要补办手续，以及需要准备哪些材料。
准备证明材料：根据当地政策的要求，您可能需要准备一系列证明材料，如收养人和被收养人的身份证明、收养关系证明（如共同生活证明、邻里证言等）、收养人的抚养能力和意愿证明等。
提交申请：将准备好的证明材料提交给相关部门，并按照要求填写申请表格。在提交申请时，务必确保所有材料的真实性和完整性。
等待审批：相关部门将对您的申请进行审查，并根据当地政策和法律法规作出决定。如果申请被批准，您可能需要办理一些后续手续，如户口迁移等。
三、注意事项
遵守法律：在补办手续的过程中，务必遵守当地法律法规和政策要求，不得提供虚假信息或隐瞒重要事实。
保护权益：在补办手续时，应关注被收养人的权益保护，确保其得到妥善的安置和照顾。
寻求帮助：如果您在补办手续过程中遇到困难或疑问，可以寻求当地民政部门、公安机关或法律援助机构的帮助。
综上所述，民间事实收养三年以上被查出来后是否可以补办正规手续，取决于当地的法律法规和政策要求。建议您咨询当地相关部门，了解具体政策和要求，并按照要求准备证明材料和提交申请。