员工个人代收代付公司营业款的行为，在特定条件下可以是合法的，但存在较大的法律风险。以下是对此问题的详细分析：
合法性的前提：
- 公司明确授权：员工代收代付公司营业款的行为，必须基于公司的明确授权。这意味着公司需要有书面文件或内部规定，明确授权员工可以代为收取和支付款项。
- 遵循财务管理体系及法律法规：员工在代收代付过程中，必须严格遵循公司的财务管理体系及相关法律法规，确保款项的安全、准确和合规处理。
法律风险：
- 未经授权的风险：如果员工未经公司授权擅自代收代付营业款，可能会构成挪用资金或职务侵占等违法行为，面临刑事责任。
- 财务管理混乱的风险：员工代收代付可能导致公司财务管理混乱，难以追踪款项流向，增加财务风险。
- 税务风险：涉及税务问题时，若处理不当，可能导致公司面临税务稽查和处罚。
建议：
- 签订书面协议：为确保双方权益，公司应与员工签订书面代收代付协议，明确双方的权利和义务、代收代付的具体事项、金额及期限等。
- 保留相关凭证：员工在代收代付过程中，应保留好相关凭证，如转账记录、收据等，以便在出现纠纷时作为证据。
- 加强内部监管：公司应加强对员工代收代付行为的内部监管，确保款项的安全、准确和合规处理。
- 咨询专业律师：在处理此类问题时，公司可咨询专业律师，以确保代收代付行为的合法性和合规性。
综上所述，员工个人代收代付公司营业款的行为在特定条件下可以是合法的，但公司必须确保员工具备明确授权，并严格遵循财务管理体系及法律法规。同时，公司也应加强内部监管，确保款项的安全、准确和合规处理。