当股东入股协议时间到期时，处理方式主要取决于各方当事人的意愿和协议中的相关条款。以下是一些建议来处理这种情况：

首先，要明确协议中是否有关于协议到期后的自动续签或延长条款。如果协议中明确规定了自动续签或延长的条件，那么只要满足这些条件，协议就会自动续签或延长，无需各方再行协商。

如果协议中没有自动续签或延长的条款，或者这些条款不适用，那么各方当事人可以通过协商来达成新的协议或补充协议。具体来说，可以通过签署补充协议来延长原合同的期限，或者对原合同进行修改和补充，以适应新的情况。在协商过程中，各方应充分沟通、协商，确保新的协议或补充协议符合各方的利益和需求。

如果各方无法就续签或延长协议达成一致，或者协议中明确规定了到期终止且不再续签的情况，那么协议到期后就会自动终止。此时，各方应按照协议中的约定进行清算和交接，确保各自的权益得到保障。

此外，无论协议是否到期，如果协议的履行期限不明确，或者各方对协议的履行存在争议，都可以根据相关法律法规进行协商或诉讼解决。在协商或诉讼过程中，应充分尊重各方当事人的权益和利益，确保公平、公正地处理争议。

总之，当股东入股协议时间到期时，各方应首先查看协议中的相关条款，明确协议到期后的处理方式。如果协议中没有明确规定或规定不适用，各方应通过协商来达成新的协议或补充协议。如果无法达成一致，应按照协议中的约定进行清算和交接，并寻求法律途径解决争议。