可以起诉。欠款人三年还了一部分款项后，债权人仍然有权就剩余未清偿的部分提起诉讼。以下是详细分析：
诉讼时效问题：
- 诉讼时效通常是三年，但还款行为会导致诉讼时效中断并重新计算。如果欠款人在三年内有还款行为，那么诉讼时效会从最后一次还款之日起重新计算。
起诉的准备工作：
- 债权人需要准备好能证明借贷关系存在的证据，如借条、转账记录、聊天记录等。
- 同时，要有欠款人的身份信息以确定明确的被告。
起诉的流程与结果：
- 在重新计算的诉讼时效内，债权人可以向有管辖权的法院提起诉讼，要求欠款人偿还剩余欠款。
- 法院会依据事实和法律进行审理，如果证据充分，债权人就有可能胜诉。
- 若法院判决后欠款人仍不履行，债权人可以申请强制执行。
综上所述，即使欠款人已经偿还了一部分款项，债权人仍然有权就剩余部分提起诉讼，以维护自己的合法权益。在起诉前，请务必准备好充分的证据，并咨询专业律师以确保诉讼的顺利进行。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。