对于过收费站上高速停车是否扣分以及如何处理的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、是否扣分及处罚规定
普通道路停车：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，如果机动车违反停放、临时停车规定，执法部门可以指出违法行为并口头警告，令其立即驶离。
- 如果驾驶人不在现场或拒绝立即驶离，且妨碍了其他车辆、行人通行，将处二十元以上二百元以下罚款，并可能将机动车拖移至不妨碍交通的地点或公安机关交通管理部门指定的地点停放。
高速公路禁止停车区域停车：
- 在高速公路车道上或应急车道上非紧急情况下停车是严格禁止的。
- 驾驶营运客车在高速公路车道上停车，将面临一次记12分，罚款200元的处罚。
- 驾驶营运客车以外的机动车在高速公路车道上停车，将受到一次记6分，罚款200元的处罚。
二、特定情况下的合法停车
- 在某些特定情况下，如收费站出口附近短暂停车休息、整理物品或检查车辆，且不影响其他车辆正常通行的情况下，通常不被视为违规行为。但建议驾驶员避免在高速公路出口处长时间或无故停车，以确保交通安全和顺畅。
三、处理建议
- 了解规定：驾驶员应充分了解并遵守不同路段的停车规定，避免因不了解规定而违规停车。
- 合规停车：在必要时，应选择合法的停车地点进行停车，如服务区、停车场等，以避免不必要的法律风险和损失。
- 应急处理：如果在高速公路上遇到紧急情况需要停车，应确保车辆停在应急车道上，并开启危险报警闪光灯，同时在车后方设置警告标志，以提醒其他车辆注意。
综上所述，过收费站上高速停车是否扣分以及如何处理，主要取决于停车的具体位置、情形以及相关法律法规的规定。因此，驾驶员在行车过程中应严格遵守交通法规，确保行车安全，同时维护良好的交通秩序。