公司已经设立后，与公司签订出资协议的性质，主要取决于协议的具体内容和签订时的背景，但通常可以被视为一种投资或增资行为的相关协议。以下是对此性质的详细分析：

1. 投资或增资行为的确认：

   • 在公司已经设立的情况下，后续与公司签订的出资协议，往往是为了增加公司的注册资本或实现特定的投资目的。这种出资可以是现金出资、实物出资、知识产权出资等多种形式。
   • 出资协议的签订，意味着出资人愿意将一定数额的资产投入到公司中，以换取公司相应的股权或权益。

2. 协议的法律性质：

   • 出资协议在本质上是一种合同，它受到《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国公司法》等相关法律法规的规范和保护。
   • 协议中应明确出资人的出资方式、出资额、出资时间、股权比例、权益分配等关键条款，以确保双方的权益得到保障。

3. 协议的法律效力：

   • 一旦出资协议签订并生效，它就具有法律约束力。双方必须按照协议的约定履行各自的义务，否则将承担相应的法律责任。
   • 如果协议中存在争议或违约情况，可以通过法律途径进行解决，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

4. 特殊情况的考虑：

   • 在某些特殊情况下，如公司需要进行重组、并购或上市等，出资协议的性质和目的可能会更加复杂。这时，需要更加谨慎地审查协议的内容，并确保其符合相关法律法规的要求。

综上所述，公司已经设立后与公司签订的出资协议，通常被视为一种投资或增资行为的相关协议。它具有明确的法律性质和法律效力，双方应严格按照协议的约定履行各自的义务。如有任何疑问或争议，应及时咨询专业律师以获取法律帮助。