要认定设立公司协议书是否具有合同性质，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、法律基础与定义
首先，根据《中华人民共和国公司法》第四十三条的规定，有限责任公司设立时的股东可以签订设立协议，以明确各自在公司设立过程中的权利和义务。这一规定为设立协议提供了法律基础。从定义上看，设立协议是股东之间就公司设立事宜达成的民事协议，它符合合同的基本特征，即双方或多方意思表示一致，旨在设立、变更或终止民事权利义务关系。
二、合同属性的具体表现
民事合同性质：
- 设立协议是股东之间签订的民事合同，受《民法典》合同编的调整。这意味着，设立协议在签订、履行、变更和终止等方面，都应遵循合同法的相关规定。
补充性文件：
- 设立协议通常作为对公司章程的补充，主要规范公司设立阶段的权利义务。虽然公司章程是公司设立和运营的基本文件，但设立协议可以针对公司设立过程中的特定事项进行更详细的约定。
约束范围：
- 设立协议仅对签署协议的股东具有约束力，不直接约束公司或其他第三方。这体现了合同的相对性原则，即合同只对签订合同的各方产生法律效力。
三、设立协议的主要内容与合同要素
设立协议通常包含以下主要内容，这些内容也是认定其合同性质的重要依据：
公司设立的基本事项：
- 如公司名称、注册资本、经营范围等，这些是公司设立的基本要素，也是设立协议中必须明确的内容。
股东的权利与义务：
- 包括出资义务、利润分配、决策机制等。这些条款明确了股东在公司设立过程中的具体权利和义务，是合同的核心内容。
公司设立失败的处理：
- 如费用分担、责任承担、违约情形及责任形式等。这些条款规定了在公司设立失败时，各方应如何承担责任和分担损失，体现了合同的保障功能。
四、实务操作与法律效力
实务操作：
- 设立协议应采用书面形式，并由全体股东签字或盖章。这符合合同法的形式要求，确保了协议的法律效力。
- 对于涉及重大利益或复杂条款的协议，可进行公证以增强法律效力。公证可以进一步证明协议的真实性和合法性。
法律效力：
- 设立协议对股东具有约束力，股东应按照协议约定履行出资义务和参与决策。
- 对公司而言，设立协议中关于公司名称、注册资本等事项的约定，应在公司章程中体现。设立完成后，若设立协议中的约定未纳入公司章程，则对公司无直接约束力。
- 对第三方而言，设立协议无直接约束力，第三方无权依据协议主张权利。
五、总结与建议
综上所述，设立公司协议书具有合同性质，它符合合同的基本特征，受合同法的调整，并明确规定了股东在公司设立过程中的权利和义务。为了确保设立协议的法律效力，建议股东在签订协议时遵循以下原则：
- 内容全面、条款清晰，避免歧义；
- 与公司章程保持一致，避免冲突；
- 对违约情形及责任作出明确约定；
- 妥善保存协议文本，作为纠纷解决的依据。
通过规范签订设立协议，股东可以有效降低公司设立阶段的法律风险，为公司的顺利设立和后续运营奠定良好基础。