毕业生三方协议一直没用两年后再签，一般而言是有效的，但具体效力还需根据协议的具体内容和相关法律法规来判断。以下是详细分析：

1. 协议的有效期与签订时间：

   • 三方协议本身并没有明确规定必须在毕业后立即签订或有效期限。因此，从时间上来看，两年后再签并不直接违反协议的有效性原则。
   • 但需要注意的是，协议中可能包含有关有效期或签订时间的特定条款。如果协议中明确规定了签订时间或有效期，那么两年后再签可能会违反这些条款，从而影响协议的效力。

2. 协议内容的合法性：

   • 无论协议是在何时签订的，其内容都必须符合相关法律法规的规定。例如，协议中不能包含违法、违规或损害一方利益的条款。
   • 如果两年后的协议内容仍然合法、合规，且各方均自愿签订，那么该协议在法律上应该是有效的。

3. 实际履行情况：

   • 协议的效力还与其实际履行情况有关。如果协议签订后，各方均按照协议约定履行了各自的义务，那么协议的效力会得到进一步确认。
   • 相反，如果协议签订后一方或多方未履行协议义务，那么可能会引发纠纷，甚至导致协议被认定为无效。

4. 特殊情况的考虑：

   • 如果在两年期间，相关法律法规发生了重大变化，且这些变化直接影响了协议的效力或履行，那么两年后再签的协议可能会受到这些变化的影响。
   • 此外，如果协议涉及的具体事项（如工作岗位、薪资待遇等）在两年后发生了重大变化，且这些变化未在协议中得到明确体现或调整，那么也可能会影响协议的效力。

综上所述，毕业生三方协议两年后再签是否有效，需要根据协议的具体内容、相关法律法规以及实际履行情况来综合判断。如果你手头的协议中有明确的有效期或签订时间条款，或者对协议的效力存在其他疑问，建议直接咨询我，我可以为你提供更具体的法律分析和建议。