要查询员工是否存在违规办证或程序不当的情况，可以从以下几个方面进行：

一、明确违规办证的定义与范围

违规办证通常指的是员工在办理证件过程中，违反了相关法律法规、公司政策或程序规定，如伪造材料、提供虚假信息、未经授权擅自办理等。这包括但不限于身份证、工作证、资格证、执照等各类证件。

二、建立有效的查询机制

1. 内部审查：

   • 设立专门的审查部门或岗位，负责定期对员工的证件进行复审和抽查。
   • 制定详细的审查流程和标准，确保审查的公正性和准确性。

2. 信息共享与查询：

   • 与相关政府部门、行业协会等建立信息共享机制，及时获取员工的证件信息和违规记录。
   • 利用现代信息技术，如建立证件管理系统，实现证件信息的快速查询和比对。

3. 员工自查与举报：

   • 鼓励员工定期进行自查，确保所持证件的真实性和有效性。
   • 设立举报渠道，鼓励员工积极举报发现的违规办证行为。

三、加强培训与宣传

1. 定期培训：

   • 组织员工参加证件办理和管理的相关培训，提高员工的法律意识和程序意识。
   • 培训内容包括但不限于证件办理流程、法律法规、违规后果等。

2. 宣传引导：

   • 通过公司内部宣传栏、电子邮件、会议等多种形式，向员工宣传违规办证的危害性和严重性。
   • 树立正面典型，表彰遵规守纪的员工，形成良好的企业氛围。

四、严格处理违规行为

1. 调查核实：

   • 对于发现的违规办证行为，要立即进行调查核实，确保事实清楚、证据确凿。

2. 依法处理：

   • 根据违规行为的性质和情节，依法依规给予相应的处理，如警告、罚款、降职、辞退等。
   • 对于构成犯罪的，要依法追究刑事责任。

3. 公示与教育：

   • 将处理结果在公司内部进行公示，以起到警示作用。
   • 对违规员工进行教育，帮助其认识到错误的严重性，并督促其改正。

五、参考具体案例

如武汉海事局查处的船员伪造材料办证行为，该案例表明了对违规办证行为的严厉打击态度。公司可以借鉴此类案例，加强员工的法制教育和诚信教育，同时完善内部的证件管理制度和审查机制。

综上所述，查询员工是否存在违规办证或程序不当的情况，需要建立有效的查询机制、加强培训与宣传、严格处理违规行为，并参考具体案例进行警示教育。这样才能确保公司的证件管理工作规范有序，维护公司的合法权益和声誉。