孕期停薪留职的工资计算问题，实际上涉及到孕妇在公司的权益保护和劳动法规的具体应用。首先，我们要明确的是，“停薪留职”这一概念在现代劳动法规中并不常见，且对于孕期女职工而言，她们享有特定的法律保护。

1. 法定权益：

   • 根据《中华人民共和国女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应当根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。
   • 孕期女职工享有产假等法定假期，产假期间工资应照发，且不得降低其基本工资。

2. 停薪留职的实际情况：

   • 若女职工与单位协商停薪留职，并且协议中有明确的工资支付约定，那么应按照协议执行。
   • 如果协议中未明确工资支付问题，或者协议明确停发工资，那么这种安排可能不合法，因为孕期女职工受法律保护，单位不得无故降薪或停薪。

3. 工资计算：

   • 在孕期停薪留职的特殊情况下，如果单位同意并签订了协议，且协议中约定了工资支付，那么工资应按照协议约定的标准和办法支付。
   • 如果协议未约定或约定不明确，且单位无故停发工资，女职工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位支付工资并承担相应赔偿责任。

4. 法律建议：

   • 对于孕期女职工而言，应充分了解自己的法定权益，避免在不知情的情况下被单位侵犯权益。
   • 如果单位提出停薪留职的安排，女职工应谨慎考虑，并确保协议中明确工资支付等关键条款。
   • 如遇权益被侵犯，女职工应及时向相关部门求助，维护自己的合法权益。

综上所述，孕期停薪留职的工资计算问题应根据具体情况而定，但无论如何，孕期女职工都应受到法律的保护，单位不得无故降薪或停薪。如果遇到相关问题，女职工应及时寻求法律帮助。