两个公司付款需要承兑贴现，可以通过协商确定贴现费用的承担方，并签订相应的协议来明确双方的权利和义务。以下是对此问题的详细分析：

一. 承兑贴现的基本概念

承兑贴现是指持票人为了获得资金，将未到期的承兑汇票转让给银行或其他金融机构，由银行或金融机构扣除一定的贴现利息后，将剩余金额支付给持票人的行为。

二. 承兑贴现的费用承担

1. 协商确定：两个公司在进行付款时，如果需要承兑贴现，首先应通过协商来确定贴现费用的承担方。这通常取决于双方的商业谈判和合同约定。
2. 签订协议：为了明确双方的权利和义务，建议签订书面的承兑贴现协议。该协议应详细约定贴现费用的承担方、贴现利率、贴现期限等关键条款。

三. 承兑贴现的操作流程

1. 持票人提出贴现申请：持票人（即需要资金的一方）向银行或金融机构提出承兑汇票贴现申请。
2. 银行或金融机构审核：银行或金融机构对承兑汇票的真实性、合法性以及持票人的资信状况进行审核。
3. 签订贴现协议：审核通过后，银行或金融机构与持票人签订贴现协议，明确双方的权利和义务。
4. 扣除贴现利息并支付款项：银行或金融机构根据贴现协议扣除相应的贴现利息后，将剩余金额支付给持票人。

四. 法律风险提示

1. 确保承兑汇票的真实性和合法性：在进行承兑贴现时，务必确保承兑汇票的真实性和合法性，以避免因假票或非法票据而导致的法律风险。
2. 严格遵守贴现协议：双方应严格遵守贴现协议的约定，按时履行各自的义务，以确保交易的顺利进行。

我的观点：承兑贴现是商业交易中常见的一种融资方式。在进行承兑贴现时，双方应通过协商明确贴现费用的承担方，并签订书面的贴现协议来确保交易的安全和合法性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。