在起诉离婚后，如果男方不将女儿的出生证明还给女方，这确实是一个需要妥善处理的问题。首先，出生证明是孩子的重要身份文件，对于孩子的成长和教育都至关重要。因此，女方有权要求男方归还出生证明。
关于如何通过微信与男方沟通此事，我建议你可以采取以下方式：
微信消息示例：
“你好，[男方的名字]。我希望我们能平静地讨论一下关于[女儿的名字]的出生证明的问题。这个证明对孩子来说非常重要，无论是上学还是办理其他手续都需要用到。我理解可能我们之间存在一些分歧，但孩子的利益应该是我们共同关心的。我希望你能理解我的立场，尽快将出生证明归还给我，以便我能更好地照顾孩子。谢谢你。”
如果男方对此没有回应或拒绝归还，你可以考虑采取以下法律措施：
与律师协商：作为专业律师，我可以帮你制定具体的法律策略，包括起诉要求男方归还出生证明，或者通过其他法律途径维护你和孩子的合法权益。
申请法院强制执行：如果判决已经明确女儿归女方抚养，且男方拒绝归还出生证明，你可以向法院申请强制执行，要求男方履行判决义务。
寻求调解：在诉讼之前，我们也可以尝试通过调解的方式解决纠纷，这有助于减少双方的冲突，保护孩子的身心健康。
总之，无论采取何种方式，我们的目标都是确保孩子的权益得到最大程度的保护。如果你需要进一步的法律帮助或建议，请随时与我联系。