在合同中仅约定了仲裁条款的情况下，当事人一般不能直接向法院起诉，而应通过仲裁程序解决争议。除非仲裁协议无效或存在特定情形导致仲裁协议无法执行，否则法院将不会受理该合同纠纷的起诉。
仲裁协议的排他性：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第五条，当事人达成有效的仲裁协议后，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理。这表明，一旦选择仲裁作为争议解决方式，就排除了法院的管辖权。
仲裁协议的有效要件：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条，仲裁协议应当具有请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会。只有满足这些要求的仲裁协议才是有效的，才能有效排除法院的管辖权。
仲裁协议无效的特定情形：
- 尽管仲裁协议通常具有排他性，但在某些特定情况下，仲裁协议可能被视为无效。例如，约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围、无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议、一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议等。在这些情形下，法院可以受理当事人的起诉。
法院的处理方式：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百一十五条，当事人在书面合同中订有仲裁条款或在发生纠纷后达成书面仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院应当告知原告向仲裁机构申请仲裁。若原告坚持起诉且仲裁条款有效，法院将裁定不予受理。
综上所述，当事人在签订合同时应谨慎考虑并选择适当的争议解决方式。若选择仲裁作为争议解决方式，应确保仲裁协议的有效性和明确性。在面临合同纠纷时，当事人应首先根据合同约定判断争议解决方式，并遵循相关法律法规的规定进行处理。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。