医疗机构未建立医疗废物登记制度，最高可被处以5000元的罚款。

具体来说，根据《医疗废物管理条例》第十二条的规定，医疗卫生机构和医疗废物集中处置单位，应当对医疗废物进行登记，登记内容应当包括医疗废物的来源、种类、重量或者数量、交接时间、处置方法、最终去向以及经办人签名等项目。登记资料至少保存3年。若违反此规定，即未对医疗废物进行登记或者未保存登记资料，根据《医疗废物管理条例》第四十五条第一款第四项的规定，由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门或者环境保护行政主管部门按照各自的职责责令限期改正，给予警告；逾期不改正的，将处2000元以上5000元以下的罚款。

因此，医疗机构应当严格遵守医疗废物登记制度，以避免可能的法律处罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。