针对您提出的“没资质个人承包工程已过行政处罚期，其非法所得怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，个人在没有相应资质的情况下承包工程是违法的，这违反了《中华人民共和国建筑法》以及《建设工程质量管理条例》等相关法律法规。对于这种行为，法律有明确的处罚规定。

关于您提到的“已过行政处罚期”，这通常指的是行政处罚决定的执行期限或者行政处罚的追溯期限。然而，对于违法所得的处理，并不受行政处罚期的限制。根据相关法律法规，对于无资质个人承包工程所获得的违法所得，相关部门有权进行没收，这一处理措施并不受时间限制。

具体来说，根据《中华人民共和国建筑法》第六十五条的规定，对于无资质的个人违法承包工程，相关部门将责令其停止违法行为，并没收其通过该工程所获得的全部违法所得。这一规定旨在消除违法行为带来的经济利益，同时起到震慑作用，防止类似违法行为再次发生。

因此，即使已经过了行政处罚期，对于无资质个人承包工程所获得的违法所得，相关部门仍然有权进行没收处理。这是法律对违法行为的一种持续打击和制裁措施，旨在维护建筑市场的秩序和公平竞争环境。

综上所述，对于没资质个人承包工程所获得的非法所得，无论是否已过行政处罚期，相关部门都有权进行没收处理。这是法律对违法行为的明确规定和制裁措施，旨在保护建筑市场的合法性和规范性。建议所有从事建筑工程的个人和企业严格遵守相关法律法规，确保自身行为的合法性和合规性。