有限责任公司股东从两个自然人变成三个自然人，需要进行股东变更登记。以下是具体的变更流程和相关注意事项：

1. 准备变更文件：

   • 首先，需要由公司股东会作出增加股东的决议，并修改公司章程，明确新股东的权利与义务。
   • 新股东与原有股东之间需要签订股权转让协议或增资协议，明确股权转让或增资的金额、方式、时间等具体条款。

2. 办理工商变更登记：

   • 向公司登记机关提交变更登记申请书，包括股东会决议、修改后的公司章程、股权转让或增资协议等文件。
   • 提供新股东的身份证明文件，如身份证或营业执照等。
   • 工商登记机关会对提交的材料进行审核，审核通过后，会颁发新的营业执照，注明新的股东信息。

3. 更新公司相关文件：

   • 变更股东后，需要更新公司的股东名册，确保新股东的信息被准确记录。
   • 同时，还需要更新公司的其他相关文件，如公司章程、股东会决议记录等，以反映股东变更后的公司状况。

4. 税务和银行变更：

   • 股东变更后，还需要向税务机关报告，并更新税务登记信息。
   • 如果公司有银行账户，也需要向银行提供变更后的营业执照和股东信息，以便银行更新账户信息。

5. 注意事项：

   • 在进行股东变更时，应确保所有文件的真实性和合法性，避免虚假或不合规的操作。
   • 股东变更可能会涉及公司的股权结构、治理结构等方面的调整，因此需要谨慎处理，确保变更过程平稳有序。

总之，有限责任公司股东从两个自然人变成三个自然人，需要按照上述流程办理股东变更登记，并更新公司相关文件和税务、银行信息。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。