当检察院在退侦期间发现新的嫌疑人时，处理流程会根据实际情况和法律法规进行灵活调整。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：

首先，检察院会对新发现的嫌疑人进行初步的审查和评估。这包括核实嫌疑人的身份信息、了解其与案件的可能关联，以及评估是否有足够的证据支持对其实施进一步的侦查措施。

如果新发现的嫌疑人与原案件存在直接关联，且对案件的定罪和量刑可能产生显著影响，检察院可能会决定将其并入原案件进行一并审查。这通常发生在新嫌疑人的犯罪行为与原案件有紧密联系，或者新证据能够显著改变原案件的事实认定或法律适用时。

然而，如果新发现的嫌疑人的犯罪行为相对独立，与原案件没有直接的关联，检察院则可能会单独对其立案调查。这意味着，新嫌疑人的案件将作为一个独立的刑事案件进行处理，与原案件分开进行侦查、起诉和审判。

在处理新嫌疑人的过程中，检察院会严格遵守法律程序，确保所有侦查措施都符合法律法规的要求。同时，检察院也会充分保障嫌疑人的合法权益，包括告知其享有的诉讼权利、提供法律援助等。

此外，如果在新嫌疑人的侦查过程中发现了新的犯罪事实或证据，且这些事实与案件有重要关联，检察院可能会根据实际情况决定是否需要再次补充侦查。但值得注意的是，补充侦查的次数通常受到法律限制，一般以两次为限。

最后，如果经过侦查后认为新嫌疑人的犯罪行为确实存在，且证据充分、事实清楚，检察院将依法对其提起公诉。在提起公诉时，检察院会充分考虑新嫌疑人的犯罪事实、性质、情节以及社会危害程度等因素，提出合理的量刑建议。

综上所述，当检察院在退侦期间发现新嫌疑人时，会根据实际情况和法律法规进行灵活处理。在处理过程中，检察院会严格遵守法律程序，保障嫌疑人的合法权益，并确保案件的公正、公平和高效处理。