司法所长既充当双方调解又做其中一方代理是不合法的。下面我将从多个角度对此进行详细解释：

1. 角色冲突：

   • 司法所长作为调解者，其职责是公正、中立地促进双方达成和解，保护双方的合法权益。
   • 代理一方则意味着要代表该方的利益进行法律活动，这必然会产生利益偏向。
   • 因此，司法所长同时担任这两个角色，会严重损害其公正性和中立性，违反职业道德和法律规定。

2. 法律规定：

   • 根据相关法律法规，司法工作人员在履行职责时应当保持公正、廉洁，不得利用职权为自己或者他人谋取私利。
   • 司法所长作为司法工作人员，应当严格遵守这一规定，避免角色冲突和利益冲突。

3. 实际影响：

   • 如果司法所长既调解又代理，会让另一方当事人对调解的公正性产生严重质疑，进而影响调解的权威性和有效性。
   • 这种行为也可能引发社会舆论的负面评价，损害司法机构的形象和公信力。

4. 建议与措施：

   • 司法所长应当明确自己的职责和角色定位，避免同时担任调解者和代理者的双重角色。
   • 在遇到需要调解的案件时，应当保持中立和公正，确保双方的合法权益得到平等保护。
   • 如果确实需要代理一方进行法律活动，应当主动回避调解工作，由其他符合条件的司法工作人员进行调解。

综上所述，司法所长既充当双方调解又做其中一方代理是不合法的，这种行为违反了职业道德和法律规定，也会损害司法机构的形象和公信力。因此，司法所长应当严格遵守相关规定，确保自己的行为符合法律要求和职业道德标准。