有注册商标但没有商务备案，只要不在特定需要商务备案的领域经营，就是合法的。具体分析如下：
一. 注册商标与商务备案的关系
注册商标的合法性：注册商标是合法使用商标的前提，也是保护商标权益的基础。根据《商标法》的相关规定，经商标局核准注册的商标为注册商标，商标注册人享有商标专用权，受法律保护。
商务备案的特定性：商务备案通常指的是在某些特定行业或领域，如电子商务、对外贸易等，企业需要进行的一种备案手续。这种备案是为了规范市场秩序，保障消费者权益，以及便于政府监管。然而，并非所有行业或领域都需要商务备案。
二. 合法性的判断
无需商务备案的情况：如果企业所在的行业或领域并不要求商务备案，那么即使企业有注册商标但没有进行商务备案，也是合法的。例如，一些传统的制造业、服务业等，可能并不需要特定的商务备案。
需要商务备案但未备案的情况：如果企业所在的行业或领域要求商务备案，但企业未进行备案，那么可能会面临相应的法律责任或行政处罚。因此，在这种情况下，有注册商标但没有商务备案是不合法的。
我建议您首先明确自己所在行业或领域是否需要商务备案，如果确实需要，则应及时办理相关手续，以确保企业的合法经营。同时，也要继续维护好自己的注册商标，确保商标的合法使用和保护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。