当您在交通事故中负主要责任，而对方负次要责任时，保险公司的处理方式主要遵循以下步骤和原则：
一、交强险先行赔付
首先，无论是您的车辆还是对方的车辆，都会先由各自的交强险在责任限额内进行赔付。交强险是机动车交通事故责任强制保险的简称，它主要用于赔偿交通事故中造成的人身伤亡和财产损失。
二、按责任比例分担剩余损失
交强险赔付后，如果仍有不足部分，那么这部分损失将按照事故责任比例进行分担。
机动车之间的事故：如果双方都是机动车，那么通常主责方承担70%的赔偿责任，次责方承担30%的赔偿责任。
机动车与非机动车或行人之间的事故：如果一方是机动车，另一方是非机动车或行人，那么机动车主责方通常需要承担80%的赔偿责任，次责方则承担相应的较低比例（如40%，但具体比例可能因地区和具体法规而异）。
三、商业险或个人承担剩余损失
对于交强险赔付后剩余的损失，如果双方都有商业险（如车损险、三者险等），那么可以向各自的保险公司申请理赔。保险公司会根据保险合同的约定和责任比例进行赔偿。如果某方没有商业险，那么该方需要自行承担剩余损失。
四、注意事项
及时报案：发生交通事故后，应及时向保险公司和交警部门报案，以便他们能够及时处理。
保留证据：保留好与事故相关的所有证据，如现场照片、事故认定书、医疗记录等，以便在后续理赔过程中使用。
了解保险条款：在申请理赔前，建议仔细阅读保险合同条款，了解保险责任、免责条款等内容。
综上所述，当您在交通事故中负主要责任时，保险公司会先通过交强险进行赔付，然后根据事故责任比例分担剩余损失。如果您有商业险，可以向保险公司申请理赔以减轻个人负担。在处理过程中，务必保留好相关证据并了解保险条款内容。