借款替代交付在特定情况下是合法的。这种交付方式在法律上被称为“指示交付”，即当动产（如货币）由第三人占有时，借款人将其对第三人的返还请求权让与出借人以代替支付。以下是关于借款替代交付（指示交付）的详细解释：

一、指示交付的合法性

1. 法律依据：指示交付作为一种特殊的交付方式，在民法上是有依据的。它适用于动产所有权的转让，并需要满足一定的条件。

2. 适用条件：

   • 双方当事人须有转让动产所有权的合同；
   • 作为交易标的物的动产在物权变动之前由第三人占有；
   • 出让人对第三人占有的动产享有返还原物请求权；
   • 出让人能将对第三人占有的动产返还原物请求权转让给受让人。

二、指示交付在民间借贷中的应用

1. 应用实例：在民间借贷中，指示交付通常发生在出借人并非直接将款项交付给借款人，而是通过第三方（如建筑公司、支付平台等）进行转账或支付的情况下。例如，出借人通过建筑公司会计将应发给工人的工资划转给借款人作为借款本金，以支付其所属班组工人的工资，这就是一种指示交付。

2. 法律效果：如果指示交付满足上述条件，且出借人能够证明这一交付方式的存在和有效性，那么这种交付方式在法律上是被认可的。出借人可以基于指示交付的事实，要求借款人履行还款义务。

三、指示交付的风险与注意事项

1. 举证困难：指示交付的举证相对复杂，因为涉及第三方和多个交易环节。出借人需要保留完整的证据链条，以证明指示交付的事实和有效性。

2. 法律风险：如果指示交付的条件不满足或证据不充分，出借人可能面临败诉的风险。因此，在选择指示交付时，出借人应谨慎考虑并咨询专业律师的意见。

3. 建议：为了避免不必要的法律纠纷和风险，建议在民间借贷中尽量采用直接交付或银行转账等更为明确和安全的交付方式。如果确实需要采用指示交付，应确保满足所有条件并保留充分的证据。

综上所述，借款替代交付（指示交付）在特定情况下是合法的，但出借人需要谨慎考虑并遵守相关法律规定和程序要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。