公司协商离职，补偿款以工资的名义发放，需要缴税。具体税务处理如下：

一. 法定情形下的经济补偿金税务处理

1. 免征范围：根据相关规定，个人因与用人单位解除劳动关系而取得的一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。此处的“一次性补偿收入”包括经济补偿金、生活补助费和其他补助费用。

2. 超过部分缴税：对于超过当地上年职工平均工资3倍数额的部分，需要按规定缴纳个人所得税。这部分税款单独适用综合所得税率表进行计算，不并入当年综合所得。

二. 以工资名义发放补偿款的税务处理

• 单独申报纳税：虽然补偿款以工资的名义发放，但因其性质属于解除劳动合同的一次性补偿金，故不并入工资，而应单独申报纳税。

三. 举例说明

假设当地上年职工平均工资为6万元，员工与公司协商离职后获得25万元补偿款，并以工资名义发放。那么：

• 免征额为18万元（6万元×3）。
• 超过部分为7万元（25万元-18万元）。
• 根据综合所得税率表，这7万元应缴纳的税款为：70000×10%-2520=4480元（此处假设税率为10%，速算扣除数为2520，实际税率和速算扣除数应根据具体金额和税率表确定）。

我建议：在收到离职补偿款时，无论是否以工资名义发放，都应咨询专业税务人员或机构，确保税务处理的准确性和合规性，避免不必要的税务风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。