关于公司申请不了残疾人补贴而开除员工后的赔偿问题，这主要涉及到劳动法的相关规定以及对于残疾员工的特殊保护。以下是对此问题的详细解答：
一、经济补偿的基本原则
按照工作年限计算：
- 根据劳动法，用人单位开除员工（包括残疾员工）需要给予经济补偿。经济补偿的标准主要依据员工在本单位的工作年限来确定。
- 每满一年工作，用人单位需支付一个月的工资作为经济补偿。
- 工作六个月以上但不满一年的，按一年计算；不满六个月的，则支付半个月的工资作为经济补偿。
月工资标准的确定：
- 如果员工的月工资未超过用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，那么经济补偿就按照员工的实际月工资来支付。
- 如果员工的月工资超过了这一标准，那么经济补偿将按照职工月平均工资的三倍数额来支付，且支付年限最高不超过十二年。
二、针对残疾员工的特殊补偿
除了上述基本的经济补偿外，由于残疾员工可能因残疾而面临额外的支出和损失，用人单位还需要支付残疾员工医疗补助费等费用。这些费用的具体金额需要根据员工在单位的工作年限、工资水平以及残疾程度等多方面因素来综合确定。
三、违法解除与合法解除的区别
违法解除：
- 如果用人单位违法解除与残疾员工的劳动合同（例如，没有合法理由或未按照法定程序解除），那么用人单位需要按照经济补偿标准的二倍向残疾员工支付赔偿金。
- 赔偿金计算方式与上述经济补偿相同，但数额为经济补偿的两倍。
合法解除：
- 如果用人单位是合法解除与残疾员工的劳动合同（例如，因经营困难、员工不能胜任工作等合法理由，并且按照法定程序解除），那么只需要按照上述经济补偿的标准来支付即可。
四、建议与维权途径
判断解除合法性：
- 残疾员工在遭遇被辞退的情况时，首先应该判断用人单位解除劳动合同是否合法。
依法维权：
- 如果认为用人单位的解除行为违法，可以要求用人单位按照赔偿金标准支付赔偿；如果用人单位拒绝支付，可以寻求法律专业人士的帮助来维权。
- 如果解除是合法的，那么可以争取经济补偿以及了解当地是否有针对残疾人的额外补贴政策。
求助残联或相关部门：
- 在维权过程中，残疾员工还可以向当地残联或相关部门求助，以获取更多的支持和帮助。
综上所述，公司如果因为申请不了残疾人补贴而开除员工，需要按照劳动法的相关规定给予经济补偿，并针对残疾员工的特殊情况支付额外的医疗补助费等费用。如果解除行为违法，还需要按照赔偿金标准支付赔偿。残疾员工在遭遇被辞退的情况时，应该依法维权并寻求相关部门的帮助。