租的电瓶逾期自动扣违约金是否合法，需根据具体情况判断。

1. 合同约定情况：

   • 如果租赁合同中明确规定了逾期支付租金将自动扣除违约金，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么这种自动扣违约金的行为是合法的。因为合同是双方自愿达成的协议，双方应当遵守合同中的约定。
   • 如果合同中没有明确规定或者规定不明确，或者该条款违反了法律法规的强制性规定（如违约金过高、不合理等），那么自动扣违约金的行为可能不合法。

2. 法律法规依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是民事主体之间设立、变更、终止民事法律关系的协议。依法成立的合同，受法律保护，对当事人具有法律约束力。
   • 同时，民法典也规定了合同无效、可撤销等情形，以及违约金等违约责任的承担方式。如果自动扣违约金的行为违反了这些规定，那么就是不合法的。

3. 实际操作建议：

   • 在签订租赁合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于逾期支付和违约金的规定。如果有疑问或不明确的地方，应及时询问对方或咨询专业律师。
   • 如果遇到自动扣违约金的情况，应先查看合同中是否有相关规定，并判断该规定是否合法。如果认为不合法或存在争议，可以与对方协商解决，或者通过法律途径维护自己的权益。

综上所述，租的电瓶逾期自动扣违约金是否合法，取决于租赁合同中的具体约定以及法律法规的相关规定。在签订合同时应谨慎审查合同条款，遇到问题时应及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。