迟到两分钟扣1000实习工资，这一做法在大多数情况下是不合理的。下面我将从法律角度和实际操作层面对此进行详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或者拖欠。
   • 对于迟到等违纪行为，用人单位可以依据规章制度进行处罚，但处罚措施应当合理、合法，且不得违反法律法规的强制性规定。

2. 合理性分析：

   • 扣罚金额过高：迟到两分钟扣1000元，这一扣罚金额显然过高，与迟到行为的性质、情节及给用人单位造成的实际损失严重不符。
   • 缺乏法律依据：用人单位的扣罚行为应当有明确的法律依据或规章制度支持，且规章制度应当经过民主程序制定并公示。若用人单位无法提供相应的法律依据或规章制度，则扣罚行为可能构成违法。
   • 损害劳动者权益：过高的扣罚金额会损害劳动者的合法权益，特别是对于实习生而言，他们通常处于弱势地位，过高的扣罚可能对其造成不公平的待遇。

3. 建议与措施：

   • 劳动者（实习生）可以与用人单位进行沟通，了解扣罚的具体原因和依据，并要求用人单位提供相应的法律依据或规章制度。
   • 若用人单位无法提供合理的解释或依据，劳动者可以向劳动监察部门投诉，要求用人单位纠正违法行为。
   • 劳动者在签订劳动合同时，应仔细审查合同条款，特别是关于工资、福利及违纪处罚等方面的内容，确保自身权益得到保障。

综上所述，迟到两分钟扣1000实习工资的做法在大多数情况下是不合理的。用人单位应当遵循法律法规的规定，制定合理、合法的规章制度，并依法对劳动者的违纪行为进行处罚。劳动者在遇到类似问题时，应积极维护自身权益，寻求法律援助或投诉渠道。