针对您提出的问题，关于“没有在非上市股份有限公司的变更股东章程上签名，该新股东抗辩自己不是公司股东”的情况，以下是我的详细分析：

结论前置：

新股东未在变更股东章程上签名，并不必然导致其不是公司股东的结论。股东身份的确认需综合考虑多种因素，包括但不限于股权转让协议、股东名册、工商登记等。

详细分析：

1. 股权转让协议与股东名册：

   • 首先，要查看是否存在有效的股权转让协议。如果新股东与公司原股东签订了股权转让协议，并且该协议符合公司法等相关法律法规的规定，那么新股东即使未在变更股东章程上签名，也可能已经通过其他方式获得了股东身份。
   • 其次，股东名册是确认股东身份的重要依据。如果新股东的名字已经被记入公司的股东名册，那么其股东身份就得到了公司的认可。

2. 工商登记与公示：

   • 工商登记也是确认股东身份的一种方式。如果新股东的股权变更已经完成了工商登记，并且在相关政府部门进行了公示，那么其股东身份就具有了对外的法律效力。
   • 需要注意的是，工商登记虽然具有对外的法律效力，但并不一定完全反映公司内部的实际股权结构。因此，在内部纠纷中，还需要结合其他证据来综合判断。

3. 签名与股东身份的关系：

   • 签名只是确认股东身份的一种方式，但并不是唯一的方式。在某些情况下，新股东可能因故未能及时在变更股东章程上签名，但这并不影响其股东身份的获得。
   • 如果新股东能够提供其他有效证据证明其股东身份，如股权转让协议、股东名册、工商登记等，那么其抗辩自己不是公司股东的主张就可能不成立。

4. 法律后果与建议：

   • 如果新股东确实未签署变更股东章程，但已经通过其他方式获得了股东身份，并且该身份得到了公司的认可和工商登记的确认，那么其股东权利应当受到保护。
   • 如果新股东对股东身份存在争议，建议尽快与公司协商解决，或者通过法律途径寻求救济。在协商或诉讼过程中，可以委托专业律师进行代理，以维护自己的合法权益。

综上所述，新股东未在变更股东章程上签名并不必然导致其不是公司股东的结论。股东身份的确认需要综合考虑多种因素，并根据具体情况进行判断。如果您对此类问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。