两新企业不可以在乡镇直接管理，而是由县级以上人民政府民政部门进行管理。具体分析如下：

一. 两新企业的管理归属

• 根据相关规定，“两新”组织，即新经济组织和新社会组织的党建工作，通常由县级以上人民政府民政部门进行管理和指导。这意味着两新企业的相关事务，包括但不限于注册、监管、政策指导等，都应在县级以上层面进行。

二. 乡镇层面的角色

• 乡镇政府或相关机构可能在日常工作中与两新企业有所接触，如提供某些服务、进行安全检查等，但这并不等同于对两新企业的直接管理。乡镇更多地是在执行上级政府或部门的政策和指示，协助上级对两新企业进行管理和服务。

三. 管理级别的明确

• 明确指出两新企业的管理归属为县级以上人民政府民政部门，这既体现了行政管理的层级性，也确保了管理的专业性和有效性。乡镇作为基层行政单位，其职责和权限通常限于本乡镇范围内的具体事务，而不涉及跨乡镇或更高级别的企业管理。

综上所述，两新企业的管理不在乡镇层面，而是由县级以上人民政府民政部门负责。这一安排既符合行政管理的层级原则，也确保了管理的专业性和高效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。