对市场主体撤销登记中止调查不服，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。具体分析如下：

一. 申请行政复议

1. 法律依据：根据《行政复议法》第六条，有下列情形之一的，公民、法人或者其他组织可以依照本法申请行政复议：（十一）认为行政机关的其他具体行政行为侵犯其合法权益的。市场主体撤销登记中止调查属于行政机关的具体行政行为，若认为该行为侵犯了自身的合法权益，可以依法申请行政复议。
2. 复议机关：通常为作出该具体行政行为的行政机关的上一级行政机关或者法律、法规规定的复议机关。
3. 复议期限：一般应当自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请，但法律规定的申请期限超过六十日的除外。

二. 提起行政诉讼

1. 法律依据：根据《行政诉讼法》第十二条，人民法院受理公民、法人或者其他组织提起的下列诉讼：（十二）认为行政机关侵犯其他人身权、财产权等合法权益的。对市场主体撤销登记中止调查不服，认为侵犯了自身的合法权益，可以依法提起行政诉讼。
2. 诉讼管辖：一般由被告所在地人民法院管辖，即作出该具体行政行为的行政机关所在地的人民法院。
3. 诉讼期限：应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出，法律另有规定的除外。

我建议，在申请行政复议或提起行政诉讼前，可以先尝试与作出中止调查的行政机关进行沟通，了解其作出该决定的具体理由和依据，以及是否有和解或调解的可能性。如沟通无果，再依法采取法律手段维护自身权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。