涉案资产没收后发现合法投资，应当依法予以返还。具体分析如下：

一. 涉案资产没收后的处理原则

1. 合法财产的保护：根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定：“犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还”。这表明，对于涉案资产，如果是合法投资或财产，应受到法律的保护。
2. 涉案资产的甄别：在没收涉案资产后，相关部门会对资产进行甄别，区分哪些是违法所得，哪些是合法财产。对于合法财产，不应被没收。

二. 合法投资的处理方式

1. 返还程序：一旦发现被没收的资产中包含合法投资，相关部门应当启动返还程序，将合法投资返还给原所有人。这通常涉及资产的评估、确认、以及返还手续的办理。
2. 证据的重要性：为了证明投资的合法性，原所有人需要提供充分的证据，如投资合同、支付凭证、收益记录等。这些证据将有助于相关部门快速准确地甄别合法投资，并启动返还程序。

三. 实际操作中的注意事项

1. 及时申报：如果认为自己的合法投资被错误地没收，应及时向相关部门申报，并提供相关证据。
2. 法律咨询：在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以了解具体的法律程序和权益保护方法。

我建议，如果你或你的亲友面临类似情况，应首先收集并整理好所有与投资相关的证据，然后及时向相关部门申报，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有进一步需要，您可以继续咨询我。