针对“逾期办证买受人提交资料的时间是否应该扣除”的问题，这主要取决于商品房买卖合同中的具体约定以及逾期办证的原因。以下是对此问题的详细分析：

一、合同约定的办证期限与责任

首先，需要明确商品房买卖合同中关于办证期限的约定。通常，合同中会规定出卖人（开发商）在商品房交付后的一定时间内，将办理权属登记需由出卖人提供的资料报房地产主管部门备案，以便买受人能够办理房产证。如果出卖人未能在约定时间内完成备案，导致买受人无法按时取得房屋产权证书，那么出卖人通常需要承担违约责任。

二、买受人提交资料的时间是否应扣除

1. 合同约定明确：

   • 如果合同中明确规定了买受人提交资料的时间，并且该时间不计入出卖人的办证期限内，那么买受人提交资料的时间就不应该扣除。
   • 如果合同中没有明确规定买受人提交资料的时间是否计入办证期限，那么需要根据合同的其他条款以及相关法律法规进行解释和判断。

2. 逾期办证的原因：

   • 如果逾期办证是由于出卖人的原因导致的，比如出卖人未按时将办理权属登记的资料报房地产主管部门备案，那么买受人提交资料的时间就不应该扣除，因为出卖人已经违反了合同约定。
   • 如果逾期办证是由于买受人自身原因导致的，比如买受人未按时提交必要的办证资料，那么在这种情况下，买受人提交资料的时间可能会被视为影响办证进度的因素之一，但具体是否扣除还需要根据合同的具体约定和实际情况来判断。

三、相关法律法规与司法解释

根据《最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第十四条规定，由于出卖人的原因，买受人在约定期限届满未能取得不动产权属证书的，出卖人应当承担违约责任。这一规定强调了出卖人在办证过程中的责任，如果逾期办证是由于出卖人的原因导致的，那么买受人提交资料的时间就不应该被扣除。

四、实际案例

从实际案例来看，法院在处理逾期办证纠纷时，通常会根据合同的具体约定、逾期办证的原因以及相关法律法规和司法解释来综合判断。如果出卖人未能按照合同约定履行办证义务，导致买受人无法按时取得房屋产权证书，那么出卖人通常需要承担违约责任，并且买受人提交资料的时间不会被扣除。

总结

综上所述，逾期办证买受人提交资料的时间是否应该扣除，主要取决于商品房买卖合同中的具体约定以及逾期办证的原因。如果合同中有明确规定或者逾期办证是由于出卖人的原因导致的，那么买受人提交资料的时间就不应该被扣除。在处理此类纠纷时，建议买受人仔细审查合同条款，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。