在建工程转固定资产晚了两个月，需要按照相关会计准则和税法规定进行相应调整，并可能需要补缴相关税费或进行财务报表的更正。具体分析如下：

一. 会计准则调整

1. 调整财务报表：根据《企业会计准则》的相关规定，在建工程达到预定可使用状态时，应当及时转为固定资产，并开始计提折旧。如果晚了两个月才进行转换，那么需要在这两个月内对财务报表进行追溯调整，以反映正确的财务状况和经营成果。
2. 折旧调整：由于固定资产的折旧是从转入固定资产的次月开始计提的，因此晚了两个月转固定资产，会导致这两个月的折旧没有计提。企业需要在发现错误后，立即补提这两个月的折旧，并调整相关财务报表。

二. 税法规定

1. 补缴税费：根据税法规定，固定资产的折旧可以在税前扣除。如果由于晚转固定资产导致折旧少提，那么可能会影响到企业的应纳税所得额，从而需要补缴企业所得税。企业需要根据税法规定，计算应补缴的税费，并及时向税务机关申报缴纳。
2. 税务风险：晚转固定资产还可能引发税务风险，如被税务机关认定为偷税、漏税等违法行为，从而面临罚款、滞纳金等处罚。因此，企业需要加强内部控制，确保会计处理的准确性和合规性。

三. 实际操作建议

1. 及时更正：一旦发现晚转固定资产的情况，企业应立即进行更正，并调整相关财务报表和税务申报。
2. 与税务机关沟通：在更正过程中，企业可以与税务机关进行沟通，了解具体的税务处理要求和流程，确保更正的合规性和准确性。
3. 加强内部控制：为了避免类似情况的再次发生，企业需要加强内部控制，建立健全的会计制度和财务管理流程，确保会计处理的准确性和及时性。

我建议您尽快与公司的财务部门和税务机关进行沟通，明确具体的更正要求和流程，并尽快进行更正和调整。如有进一步需要，您可以继续咨询我。