自来水公司员工二次收费是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：

一. 自来水公司员工二次收费的性质

1. 若属于公司行为：如果自来水公司员工二次收费是公司授权的，且收费项目、标准等已经过相关政府部门批准或备案，那么这种收费可能是合法的。此时，员工二次收费只是公司收费行为的一种表现形式。

   • 例如，某些地区可能因水资源紧张或特殊原因，政府允许自来水公司在基本水费外收取一定的附加费用，这种情况下，员工二次收费就是合法的。

2. 若属于个人行为：如果自来水公司员工二次收费是个人行为，未经公司授权或政府批准，那么这种收费就是违法的。员工个人无权擅自设立收费项目或改变收费标准。

   • 例如，某个自来水公司员工私自向用户收取“额外服务费”或“加班费”，这种费用就是不合法的。

二. 相关法律法规

• 根据《中华人民共和国价格法》的相关规定，经营者定价的基本依据应是生产经营成本和市场供求状况，并需遵循公平、合法和诚实信用的原则。任何单位和个人不得相互串通、操纵市场价格，损害其他经营者或者消费者的合法权益。
• 同时，《城市供水条例》等法规也对城市供水价格的管理和监督作出了规定，要求供水企业应当严格执行国家规定的水价政策和标准。

三. 结论与建议

• 结论：自来水公司员工二次收费的合法性取决于其是否为公司行为以及是否经过政府批准或备案。如果是公司行为且符合相关规定，则合法；如果是个人行为或未经批准，则违法。
• 建议：面对自来水公司员工的二次收费要求，用户应首先询问并核实收费的依据和合法性。如果确认是非法收费，用户有权拒绝支付，并可向相关部门举报投诉。如有进一步需要，您可以继续咨询我。