交通事故自行协商协议后的理赔流程，主要遵循以下几个步骤，并需注意相关事项来确保流程的顺利进行及双方权益的有效保障：

一、明确赔偿协议内容并签订书面文件

首先，双方需要详细列明赔偿项目与金额，这包括但不限于财产损失（如车辆维修费）、医疗费、误工费、护理费、交通费、住院伙食补助费、营养费，以及可能的残疾赔偿金或死亡赔偿金等。每项费用都应有明确的计算依据和相应的凭证，如维修发票、医院出具的诊断证明和费用清单、收入证明等。

接着，双方需签订一份书面的赔偿协议。这份协议应包含双方当事人的基本信息、事故发生的时间、地点和经过、详细的赔偿项目及金额、支付方式和时间、违约责任以及争议解决方式等内容。协议需由双方当事人签字或盖章确认，并注明签订日期，以确保其法律效力。

二、通知保险公司并申请理赔

若事故车辆投保了相关保险，双方应及时将协商结果通知各自的保险公司，并按照保险公司的要求提交理赔材料。这些材料通常包括事故责任认定书、赔偿协议、相关费用发票、医院诊断证明等。同时，双方需配合保险公司的调查核实工作，以便理赔流程顺利进行。

三、严格履行赔偿义务

赔偿方应按照协议约定的方式支付赔偿款。这可以选择一次性支付或分期支付。一次性支付时，需保留好转账凭证或让收款方出具收条；分期支付时，则需严格按照协议约定的每期支付时间和金额履行支付义务，并要求受害方出具相应的收款凭证。

此外，如果赔偿过程中需要办理其他相关手续，如伤残鉴定、保险理赔等，赔偿方也应给予必要的协助。

四、收集证据并保留记录

在整个赔偿过程中，双方都应妥善保存相关证据和记录。这些证据和记录包括支付凭证、收据、银行交易记录、协议书等。它们对于日后可能出现的争议或纠纷将起到关键作用。

五、提交结案申请并确认赔偿到位

赔偿完成后，双方可向交警部门或相关机构提交结案申请，并提供协议书和其他必要材料。交警部门或相关机构在审核无误后，会出具结案证明。同时，受害方在收到赔偿款后，应及时确认款项是否足额到账，并妥善保存所有与事故赔偿相关的文件和记录。

六、注意事项与法律风险提示

虽然双方已经协商达成一致，但在某些情况下，如果赔偿协议显失公平或存在其他法律问题，一方仍有权向法院提起诉讼。因此，在签订赔偿协议时，建议双方咨询专业律师以确保协议的合法性和有效性。同时，在履行赔偿义务过程中，若遇到任何疑问或纠纷，也应及时寻求法律帮助以维护自身合法权益。

综上所述，交通事故自行协商协议后的理赔流程涉及多个环节和细节。双方需严格遵守相关法律法规和协议约定，确保赔偿流程的顺利进行及双方权益的有效保障。