当投资合作协议与工商登记不一致时，应首先明确两者间的法律关系及效力，并据此采取相应的处理措施。以下是对此问题的详细分析：

1. 明确法律关系及效力：

   • 投资合作协议是投资各方之间就投资事项达成的内部约定，主要约束协议各方，具有合同法的效力。
   • 工商登记则是公司对外公示其股权结构、经营范围等信息的法定程序，具有对外公示的效力。

2. 分析不一致的原因及后果：

   • 不一致可能源于协议签订后的变更未及时办理工商变更登记，或登记时存在误差。
   • 这种不一致可能导致公司内部管理混乱，影响对外交易的信誉，甚至引发法律纠纷。

3. 处理措施：

   • 核实情况：首先，应核实投资合作协议与工商登记的具体不一致之处，并了解产生不一致的原因。
   • 内部协商：投资各方应就不一致之处进行内部协商，明确各自的权利义务，并考虑是否需要修改投资合作协议或调整工商登记。
   • 办理变更登记：如果协商一致确定需要变更工商登记，应依法向工商管理部门提交变更申请，并办理相关手续。
   • 法律救济：如果因不一致导致法律纠纷，各方可根据投资合作协议的约定寻求法律救济，如诉讼或仲裁。

4. 预防措施：

   • 为避免类似情况再次发生，建议在签订投资合作协议时，明确约定工商登记的办理及变更程序。
   • 同时，应建立健全公司内部管理制度，确保投资合作协议与工商登记的一致性。

综上所述，当投资合作协议与工商登记不一致时，应首先明确法律关系及效力，分析不一致的原因及后果，并采取相应的处理措施。如有需要，可进一步向我咨询具体的法律问题。