关于协议搬迁房屋评估出来后不签字是否有效的问题，这需要根据具体情况来分析。

首先，在正常的拆迁评估中，评估机构通常是通过合法、公正的程序被选定的，例如由被拆迁人协商选定，或者按照相关规定通过抽签、摇号等随机方式确定。评估过程也需要严格遵循相关法律法规及评估规范要求，评估人员需具备相应的专业资质，实地勘察、数据收集等环节都应做到准确、客观。在这种情况下，即使被拆迁人不签字，评估报告依然具有法律效力。这是因为评估报告的效力并非单纯取决于被拆迁人的签字认可，而是基于专业的评估流程和标准得出的客观结论。

然而，如果评估过程中存在程序违法的问题，例如评估机构的选定不符合法定程序，可能存在暗箱操作、指定不具备资质的机构等情况；或者评估人员没有相应的从业资质，缺乏专业能力和资格进行评估；又或者评估过程未遵循法定程序，如没有对房屋进行全面、准确的勘查等。这种情况下的评估报告本身就是不合法的，即便被拆迁人签字了也可能不生效，不签字则更能体现对其不合法性的否定。

此外，还有一些特殊情况会影响评估的有效性。例如，虽然被拆迁人没有签字，但已经根据评估报告的结果进行了一些相关的行为，如按照评估报告中的某些数据对房屋内的物品进行了初步的整理或者搬迁安排等。这在一定程度上可以被看作是对评估报告的一种默认，从而增加评估报告有效的可能性。但这也需要综合其他因素来判断，如程序是否合法、依据是否充分等。

总的来说，不能仅因未签字就判定评估无效，必须综合多种因素进行考量与判定。如果评估过程合法合规，且被拆迁人能够证实已经收到了评估报告并未提出异议，那么评估报告通常可以被视为有效。如果评估过程存在违法问题或者被拆迁人对评估结果有异议，可以通过法律途径申请复核评估或鉴定。