医疗机构自己采购艾绒做艾条，若未取得相应许可，则可能构成违法。具体分析如下：

1. 依据《药品管理法》及相关规定：

   • 医疗机构在采购、使用艾草制品（如艾绒、艾条）时，应确保这些产品已取得药品批准文号或中药饮片生产许可。
   • 若医疗机构自行采购艾绒并加工成艾条，且这些艾条未取得相应的药品批准文号或中药饮片生产许可，则医疗机构的行为可能构成违法。

2. 结合具体情境分析：

   • 若医疗机构仅是为了内部使用（如为患者提供灸疗服务）而自行加工艾条，且未对外销售，这种行为虽然可能违反药品管理规定，但相较于对外销售未取得许可的艾条，其违法性质和后果可能相对较轻。
   • 若医疗机构不仅自行加工艾条，还对外销售这些未取得许可的艾条，则其行为不仅违反了药品管理规定，还可能涉及非法经营等更严重的违法行为。

3. 法律建议：

   • 医疗机构应严格遵守国家相关法律法规，确保采购和使用的艾草制品均取得合法许可。
   • 若医疗机构有自行加工艾条的需求，应提前咨询相关部门，了解并遵守相关的审批和许可流程。
   • 医疗机构应加强对药品和医疗器械的管理，确保所有产品的合法性和安全性。

综上所述，医疗机构自己采购艾绒做艾条，若未取得相应许可，则可能构成违法。因此，建议医疗机构在采购和使用艾草制品时务必遵守相关法律法规，确保产品的合法性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。