医院科室自行采购医疗器械是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法性的一般原则
合规采购流程：
- 医院作为医疗机构，其采购医疗器械应当遵循国家相关的法律法规和规章制度。通常情况下，医院会设立专门的采购部门或采购委员会，负责医疗器械的采购工作，以确保采购过程的合法性和合规性。
- 科室作为医院的一个内部单位，一般不具备独立采购医疗器械的权限。科室自行采购可能绕过医院的采购流程和监管机制，增加采购风险，如采购到不合格产品、价格不透明等。
法律法规依据：
- 根据《医疗器械监督管理条例》等相关法律法规，医疗器械的采购、使用和管理应当符合国家规定。医院作为医疗器械的使用单位，有责任确保所采购的医疗器械符合质量标准，并按照规定进行使用和管理。
- 若科室未经医院授权或违反医院采购制度自行采购医疗器械，可能构成违法行为，面临法律责任。
二、特殊情况下的合法性
紧急采购：
- 在某些紧急情况下，如突发公共卫生事件或患者急需特定医疗器械时，科室可能需要在短时间内进行采购。这种情况下，科室应当及时向医院相关部门报告，并按照医院规定的紧急采购流程进行操作。
- 若科室在紧急情况下未经报告或违反紧急采购流程自行采购，仍可能构成违法行为。
特定授权：
- 若医院出于特定原因（如科研需要、特殊患者治疗等）授权科室自行采购某些特定医疗器械，并明确了采购范围、流程和责任等，则科室在授权范围内进行的采购行为是合法的。
- 但这种情况下，科室仍需严格遵守医院的授权规定和采购流程，确保采购行为的合法性和合规性。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 若科室未经授权或违反规定自行采购医疗器械，可能面临法律责任，包括但不限于行政处罚、民事赔偿等。
- 若采购的医疗器械存在质量问题或导致患者损害，科室和医院还可能承担医疗损害赔偿责任。
建议：
- 医院应建立健全医疗器械采购管理制度，明确采购流程、权限和责任等，确保采购行为的合法性和合规性。
- 科室应严格遵守医院的采购管理制度，不得擅自采购医疗器械。如需采购，应及时向医院相关部门报告并按照规定流程进行操作。
- 若科室在采购过程中遇到问题或需要法律帮助，应及时向医院法律部门或专业律师咨询，以确保采购行为的合法性和合规性。