医疗部门通过淘宝采购医疗器械，这一行为的合法性取决于多个因素。下面我将从采购程序、供应商资质、以及合同签订等角度进行详细分析：

1. 采购程序的合法性：

   • 医疗部门在采购医疗器械时，必须遵循相关的法律法规和采购制度，确保采购过程的公平、公正、公开。
   • 如果通过淘宝等电商平台进行采购，需要确保采购过程透明，没有暗箱操作或排斥潜在供应商的行为。
   • 采购程序应记录完整，以便后续审计和查证。

2. 供应商资质的合法性：

   • 供应商必须具备合法的经营资质，如医疗器械生产许可证、经营许可证等。
   • 供应商提供的产品应符合国家的质量标准和安全要求，特别是医疗器械，其安全性和有效性至关重要。
   • 医疗部门在采购前应对供应商的资质和产品进行严格的审核。

3. 合同签订的合法性：

   • 采购合同应明确双方的权利和义务，包括设备的规格、质量、价格、交货期等条款。
   • 合同的签订应符合法律规定，避免出现模糊不清或违法的条款。
   • 医疗部门应确保合同条款能够保护自身的合法权益，同时满足供应商的合理需求。

综上所述，医疗部门通过淘宝采购医疗器械本身并不是违法的，但其合法性取决于采购程序是否合法、供应商资质是否合法以及合同签订是否合法。如果在这三个方面都存在问题，那么采购行为可能会被视为违法，并可能面临法律风险。因此，医疗部门在进行医疗器械采购时，应严格遵守相关法律法规，确保采购过程的合法性和合规性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。