公司不可以没收员工违法工具。以下是对此问题的详细分析：

一. 公司无权没收员工财物

1. 法律依据：根据《中华人民共和国物权法》第六十六条，“私人的合法财产受法律保护，禁止任何单位和个人侵占、哄抢、破坏”。员工的工具，无论是合法还是违法使用，其所有权都属于员工个人，公司无权进行没收。
2. 公司权限：公司可以对员工在工作中的行为进行管理和规范，但并不能因此获得没收员工个人财物的权力。如果员工使用了违法工具进行工作，公司应该通过合法的途径进行处理，如报警或向相关部门举报。

二. 公司应如何处理员工使用违法工具的情况

1. 调查与核实：公司发现员工使用违法工具时，应首先进行调查与核实，确保事实清楚，证据确凿。
2. 依法处理：如果确认员工确实使用了违法工具，公司应该根据相关法律法规和公司规章制度，采取适当的处理措施，如报警、给予纪律处分等。
3. 预防与教育：公司还应该加强员工的法制教育和职业道德教育，预防类似情况的再次发生。

综上所述，公司无权没收员工的违法工具。如果发现员工使用违法工具，公司应该通过合法的途径进行处理，并加强预防与教育措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。